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Symbolic model checking of biochemical networks

  • INRIA Rocquencourt

Résultats de recherche: Le chapitre dans un livre, un rapport, une anthologie ou une collectionContribution à une conférenceRevue par des pairs

Résumé

Model checking is an automatic method for deciding if a circuit or a program, expressed as a concurrent transition system, satisfies a set of properties expressed in a temporal logic such as CTL. In this paper we argue that symbolic model checking is feasible in systems biology and that it shows some advantages over simulation for querying and validating formal models of biological processes. We report our experiments on using the symbolic model checker NuSMV and the constraint-based model checker DMC, for the modeling and querying of two biological processes: a qualitative model of the mammalian cell cycle control after Kohn’s diagrams, and a quantitative model of gene expression regulation.

langue originaleAnglais
titreLecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics)
rédacteurs en chefCorrado Priami
EditeurSpringer Verlag
Pages149-162
Nombre de pages14
ISBN (imprimé)3540006052, 9783540006053
Les DOIs
étatPublié - 1 janv. 2003
Modification externeOui
Evénement1st International Workshop on Computational Methods in Systems Biology, CMSB 2003 - Rovereto, Italie
Durée: 24 févr. 200326 févr. 2003

Série de publications

NomLecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics)
Volume2602
ISSN (imprimé)0302-9743
ISSN (Electronique)1611-3349

Une conférence

Une conférence1st International Workshop on Computational Methods in Systems Biology, CMSB 2003
Pays/TerritoireItalie
La villeRovereto
période24/02/0326/02/03

Empreinte digitale

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